Conforme Lei Complementar n.° 968/2021, de 14/07/2021, Art. 6º essas são as estruturas de governança da autarquia intergovernamental:
I - o Colegiado Regional, composto pelo prefeito de cada Município que a integra, ou, na sua ausência e impedimento, a autoridade municipal por ele indicado, e por 1 (um) representante do Governo do Estado do Espírito Santo;
II - o Comitê Técnico, composto por 3 (três) representantes do Estado do Espírito Santo, sendo um deles da Secretaria de Estado de Saneamento, Habitação e Desenvolvimento Urbano - SEDURB, por 8 (oito) representantes dos Municípios integrantes da Microrregião e por 1 (um) representante docente de Universidade Federal ou Estadual com sede no Estado do Espírito Santo;
III - o Conselho Participativo composto por: 3 (três) representantes da sociedade civil escolhidos pela Assembleia Legislativa do Espírito Santo - Ales; 6 (seis) representantes da sociedade civil escolhidos pelo Colegiado Regional; 1 (um) representante de um dos sindicatos que represente os trabalhadores de uma das atividades vinculadas às funções públicas de interesse comum previstas no art. 3º; e 1 (um) representante dos usuários indicado pela Federação das Associações de Moradores e Movimentos Populares do Estado do Espírito Santo - FAMOPES;
IV - o Secretário Geral, eleito na forma do § 2º do art. 9º.
